Turn into an ini block for initialization
Usage
as.ini(x)
# S3 method for class 'character'
as.ini(x)
# S3 method for class 'data.frame'
as.ini(x)
# S3 method for class 'call'
as.ini(x)
# S3 method for class 'lotriFix'
as.ini(x)
# S3 method for class 'matrix'
as.ini(x)
# Default S3 method
as.ini(x)Examples
ini <- quote(ini({
tka <- log(1.57)
tcl <- log(2.72)
tv <- log(31.5)
eta.ka ~ 0.6
eta.cl ~ 0.3
eta.v ~ 0.1
add.sd <- 0.7
}))
as.ini(ini)
#> ini({
#> tka <- 0.451075619360217
#> tcl <- 1.00063188030791
#> tv <- 3.44998754583159
#> add.sd <- 0.7
#> eta.ka ~ 0.6
#> eta.cl ~ 0.3
#> eta.v ~ 0.1
#> })
l <- quote(lotri({
tka <- log(1.57)
tcl <- log(2.72)
tv <- log(31.5)
eta.ka ~ 0.6
eta.cl ~ 0.3
eta.v ~ 0.1
add.sd <- 0.7
}))
as.ini(l)
#> ini({
#> tka <- 0.451075619360217
#> tcl <- 1.00063188030791
#> tv <- 3.44998754583159
#> add.sd <- 0.7
#> eta.ka ~ 0.6
#> eta.cl ~ 0.3
#> eta.v ~ 0.1
#> })
m <- lotri({
eta.ka ~ 0.6
eta.cl ~ 0.3
eta.v ~ 0.1
})
as.ini(m)
#> ini({
#> eta.ka ~ 0.6
#> eta.cl ~ 0.3
#> eta.v ~ 0.1
#> })
one.compartment <- function() {
ini({
tka <- log(1.57)
tcl <- log(2.72)
tv <- log(31.5)
eta.ka ~ 0.6
eta.cl ~ 0.3
eta.v ~ 0.1
add.sd <- 0.7
})
model({
ka <- exp(tka + eta.ka)
cl <- exp(tcl + eta.cl)
v <- exp(tv + eta.v)
d/dt(depot) = -ka * depot
d/dt(center) = ka * depot - cl / v * center
cp = center / v
cp ~ add(add.sd)
})
}
as.ini(one.compartment)
#>
#>
#> ℹ parameter labels from comments are typically ignored in non-interactive mode
#> ℹ Need to run with the source intact to parse comments
#> ini({
#> tka <- 0.451075619360217
#> tcl <- 1.00063188030791
#> tv <- 3.44998754583159
#> add.sd <- c(0, 0.7)
#> eta.ka ~ 0.6
#> eta.cl ~ 0.3
#> eta.v ~ 0.1
#> })
ui <- one.compartment()
as.ini(ui)
#> ini({
#> tka <- 0.451075619360217
#> tcl <- 1.00063188030791
#> tv <- 3.44998754583159
#> add.sd <- c(0, 0.7)
#> eta.ka ~ 0.6
#> eta.cl ~ 0.3
#> eta.v ~ 0.1
#> })
ui$iniDf
#> ntheta neta1 neta2 name lower est upper fix label backTransform
#> 1 1 NA NA tka -Inf 0.4510756 Inf FALSE <NA> <NA>
#> 2 2 NA NA tcl -Inf 1.0006319 Inf FALSE <NA> <NA>
#> 3 3 NA NA tv -Inf 3.4499875 Inf FALSE <NA> <NA>
#> 4 4 NA NA add.sd 0 0.7000000 Inf FALSE <NA> <NA>
#> 5 NA 1 1 eta.ka -Inf 0.6000000 Inf FALSE <NA> <NA>
#> 6 NA 2 2 eta.cl -Inf 0.3000000 Inf FALSE <NA> <NA>
#> 7 NA 3 3 eta.v -Inf 0.1000000 Inf FALSE <NA> <NA>
#> condition err
#> 1 <NA> <NA>
#> 2 <NA> <NA>
#> 3 <NA> <NA>
#> 4 cp add
#> 5 id <NA>
#> 6 id <NA>
#> 7 id <NA>
as.ini(ui$iniDf)
#> ini({
#> tka <- 0.451075619360217
#> tcl <- 1.00063188030791
#> tv <- 3.44998754583159
#> add.sd <- c(0, 0.7)
#> eta.ka ~ 0.6
#> eta.cl ~ 0.3
#> eta.v ~ 0.1
#> })
ini <- c("ini({",
"tka <- log(1.57)",
"tcl <- log(2.72)",
"tv <- log(31.5)",
"eta.ka ~ 0.6",
"eta.cl ~ 0.3",
"eta.v ~ 0.1",
"add.sd <- 0.7",
"})")
as.ini(ini)
#> ini({
#> tka <- 0.451075619360217
#> tcl <- 1.00063188030791
#> tv <- 3.44998754583159
#> add.sd <- 0.7
#> eta.ka ~ 0.6
#> eta.cl ~ 0.3
#> eta.v ~ 0.1
#> })
ini <- paste(ini, collapse="\n")
as.ini(ini)
#> ini({
#> tka <- 0.451075619360217
#> tcl <- 1.00063188030791
#> tv <- 3.44998754583159
#> add.sd <- 0.7
#> eta.ka ~ 0.6
#> eta.cl ~ 0.3
#> eta.v ~ 0.1
#> })