`fsaem` is the fast-SAEM (f-SAEM) of Karimi, Lavielle and Moulines (2020). It is sugar over `saem` with `saemControl(fast=TRUE)` forced: the MCMC simulation step samples the individual random effects from an independent Metropolis-Hastings proposal centered at each subject's conditional MAP estimate, accelerating the early SAEM iterations. All other options are the `saemControl()` options; see there (in particular `fastKernel`, `fastCov`, `fastIter` and `fastLik`) for the fast-specific tuning knobs.
Examples
fsaemControl()
#> $mcmc
#> $mcmc$niter
#> [1] 200 300
#>
#> $mcmc$nmc
#> [1] 3
#>
#> $mcmc$nu
#> [1] 2 2 2
#>
#>
#> $rxControl
#> $scale
#> NULL
#>
#> $method
#> liblsoda
#> 2
#>
#> $atol
#> [1] 1e-08
#>
#> $rtol
#> [1] 1e-06
#>
#> $maxsteps
#> [1] 70000
#>
#> $hmin
#> [1] 0
#>
#> $hmax
#> [1] NA
#>
#> $hini
#> [1] 0
#>
#> $maxordn
#> [1] 12
#>
#> $maxords
#> [1] 5
#>
#> $covsInterpolation
#> locf
#> 1
#>
#> $addCov
#> [1] TRUE
#>
#> $returnType
#> rxSolve
#> 0
#>
#> $sigma
#> NULL
#>
#> $sigmaDf
#> NULL
#>
#> $nCoresRV
#> [1] 1
#>
#> $sigmaIsChol
#> [1] FALSE
#>
#> $sigmaSeparation
#> [1] "auto"
#>
#> $sigmaXform
#> identity
#> 4
#>
#> $nDisplayProgress
#> [1] 10000
#>
#> $amountUnits
#> [1] NA
#>
#> $timeUnits
#> [1] "hours"
#>
#> $addDosing
#> [1] FALSE
#>
#> $stateTrim
#> [1] Inf
#>
#> $updateObject
#> [1] FALSE
#>
#> $omega
#> NULL
#>
#> $omegaDf
#> NULL
#>
#> $omegaIsChol
#> [1] FALSE
#>
#> $omegaSeparation
#> [1] "auto"
#>
#> $omegaXform
#> variance
#> 6
#>
#> $nSub
#> [1] 1
#>
#> $thetaMat
#> NULL
#>
#> $thetaDf
#> NULL
#>
#> $thetaIsChol
#> [1] FALSE
#>
#> $nStud
#> [1] 1
#>
#> $dfSub
#> [1] 0
#>
#> $dfObs
#> [1] 0
#>
#> $seed
#> NULL
#>
#> $nsim
#> NULL
#>
#> $minSS
#> [1] 10
#>
#> $maxSS
#> [1] 10000
#>
#> $strictSS
#> [1] 1
#>
#> $infSSstep
#> [1] 12
#>
#> $istateReset
#> [1] TRUE
#>
#> $subsetNonmem
#> [1] TRUE
#>
#> $hmaxSd
#> [1] 0
#>
#> $maxAtolRtolFactor
#> [1] 0.1
#>
#> $from
#> NULL
#>
#> $to
#> NULL
#>
#> $by
#> NULL
#>
#> $length.out
#> NULL
#>
#> $iCov
#> NULL
#>
#> $keep
#> NULL
#>
#> $keepF
#> character(0)
#>
#> $drop
#> NULL
#>
#> $warnDrop
#> [1] TRUE
#>
#> $omegaLower
#> [1] -Inf
#>
#> $omegaUpper
#> [1] Inf
#>
#> $sigmaLower
#> [1] -Inf
#>
#> $sigmaUpper
#> [1] Inf
#>
#> $thetaLower
#> [1] -Inf
#>
#> $thetaUpper
#> [1] Inf
#>
#> $indLinPhiM
#> [1] 0
#>
#> $indLinPhiTol
#> [1] 1e-07
#>
#> $indLinMatExpType
#> expokit
#> 2
#>
#> $indLinMatExpOrder
#> [1] 6
#>
#> $idFactor
#> [1] TRUE
#>
#> $mxhnil
#> [1] 0
#>
#> $hmxi
#> [1] 0
#>
#> $warnIdSort
#> [1] TRUE
#>
#> $ssAtol
#> [1] 1e-08
#>
#> $ssRtol
#> [1] 1e-06
#>
#> $safeZero
#> [1] 1
#>
#> $sumType
#> pairwise
#> 1
#>
#> $prodType
#> long double
#> 1
#>
#> $resample
#> NULL
#>
#> $resampleID
#> [1] TRUE
#>
#> $maxwhile
#> [1] 100000
#>
#> $cores
#> [1] 0
#>
#> $atolSens
#> [1] 1e-08
#>
#> $rtolSens
#> [1] 1e-06
#>
#> $ssAtolSens
#> [1] 1e-08
#>
#> $ssRtolSens
#> [1] 1e-06
#>
#> $simVariability
#> [1] NA
#>
#> $nLlikAlloc
#> NULL
#>
#> $useStdPow
#> [1] 0
#>
#> $naTimeHandle
#> ignore
#> 1
#>
#> $addlKeepsCov
#> [1] FALSE
#>
#> $addlDropSs
#> [1] TRUE
#>
#> $ssAtDoseTime
#> [1] TRUE
#>
#> $ss2cancelAllPending
#> [1] FALSE
#>
#> $naInterpolation
#> locf
#> 1
#>
#> $keepInterpolation
#> na
#> 2
#>
#> $safeLog
#> [1] 1
#>
#> $safePow
#> [1] 1
#>
#> $ssSolved
#> [1] TRUE
#>
#> $linCmtSensType
#> auto
#> 100
#>
#> $linCmtSensH
#> [1] 1e-04
#>
#> $linCmtGillFtol
#> [1] 0
#>
#> $linCmtGillK
#> [1] 20
#>
#> $linCmtGillStep
#> [1] 4
#>
#> $linCmtGillRtol
#> [1] 1.490116e-08
#>
#> $linCmtShiErr
#> [1] 1.490116e-08
#>
#> $linCmtShiMax
#> [1] 20
#>
#> $linCmtScale
#> [1] 0 0 0 0 0 0 0
#>
#> $linCmtHcmt
#> [1] 1
#>
#> $linCmtHmeanI
#> geometric
#> 2
#>
#> $linCmtHmeanO
#> geometric
#> 2
#>
#> $linCmtSuspect
#> [1] 1e-06
#>
#> $linCmtForwardMax
#> [1] 2
#>
#> $indOwnAlloc
#> [1] -1
#>
#> $maxExtra
#> [1] 1000
#>
#> $tolFactor
#> NULL
#>
#> $serializeFile
#> NULL
#>
#> $dense
#> [1] FALSE
#>
#> $cvodeLinSolver
#> dense
#> 1
#>
#> $stiff2
#> [1] 0
#>
#> $autoSwitchMaxStiff
#> [1] 10
#>
#> $autoSwitchMaxNonstiff
#> [1] 3
#>
#> $autoSwitchStiffFirst
#> [1] 0
#>
#> $autoSwitchNonstifftol
#> [1] 0.9
#>
#> $autoSwitchStifftol
#> [1] 0.9
#>
#> $autoSwitchDtfac
#> [1] 2
#>
#> $autoSwitchSwitchMax
#> [1] 5
#>
#> $useLinCmt
#> [1] TRUE
#>
#> $file
#> NULL
#>
#> $chunkSize
#> NULL
#>
#> $parallel
#> [1] 0
#>
#> $.zeros
#> NULL
#>
#> attr(,"class")
#> [1] "rxControl"
#>
#> $seed
#> [1] 99
#>
#> $censOption
#> [1] 0
#>
#> $iterPrintControl
#> $every
#> [1] 1
#>
#> $ncol
#> [1] 4
#>
#> $headerEvery
#> [1] 10
#>
#> $useColor
#> [1] TRUE
#>
#> $simple
#> [1] FALSE
#>
#> attr(,"class")
#> [1] "iterPrintControl" "list"
#>
#> $DEBUG
#> [1] 0
#>
#> $optExpression
#> [1] TRUE
#>
#> $literalFix
#> [1] FALSE
#>
#> $sumProd
#> [1] FALSE
#>
#> $nnodesGq
#> [1] 3
#>
#> $nsdGq
#> [1] 1.6
#>
#> $adjObf
#> [1] TRUE
#>
#> $addProp
#> [1] "combined2"
#>
#> $itmax
#> [1] 30
#>
#> $tol
#> [1] 1e-06
#>
#> $type
#> [1] "newuoa"
#>
#> $powRange
#> [1] 10
#>
#> $lambdaRange
#> [1] 3
#>
#> $odeRecalcFactor
#> [1] 3.162278
#>
#> $maxOdeRecalc
#> [1] 5
#>
#> $indTolRelax
#> [1] TRUE
#>
#> $perSa
#> [1] 0.75
#>
#> $perNoCor
#> [1] 0.75
#>
#> $perFixOmega
#> [1] 0.1
#>
#> $perFixResid
#> [1] 0.1
#>
#> $compress
#> [1] TRUE
#>
#> $genRxControl
#> [1] TRUE
#>
#> $sigdigTable
#> [1] 3
#>
#> $ci
#> [1] 0.95
#>
#> $covMethod
#> [1] "linFim"
#>
#> $covFull
#> [1] TRUE
#>
#> $nSaCov
#> [1] 500
#>
#> $logLik
#> [1] FALSE
#>
#> $calcTables
#> [1] TRUE
#>
#> $muRefCov
#> [1] TRUE
#>
#> $muRefCovAlg
#> [1] TRUE
#>
#> $handleUninformativeEtas
#> [1] TRUE
#>
#> $iovXform
#> [1] "sd"
#>
#> $boundedTransform
#> [1] TRUE
#>
#> $eventSens
#> [1] "jump"
#>
#> $mixProbMethod
#> [1] "regularized"
#>
#> $mixProbStepExp
#> [1] 1
#>
#> $mixProbPriorN
#> [1] 20
#>
#> $mixSampleMethod
#> [1] "parallel"
#>
#> $fast
#> [1] TRUE
#>
#> $fastKernel
#> [1] "firstN"
#>
#> $fastCov
#> [1] "auto"
#>
#> $fastIter
#> [1] 20
#>
#> $fastLik
#> [1] "focei"
#>
#> $lbfgsLmm
#> [1] 5
#>
#> $lbfgsFactr
#> [1] 1e+07
#>
#> $lbfgsPgtol
#> [1] 0
#>
#> $lbfgsMaxIter
#> [1] 20
#>
#> $nRetry
#> [1] 10
#>
#> attr(,"class")
#> [1] "fsaemControl"